Ancaman berbahaya membuat Michael dan Lincoln berjuang untuk melindungi Sara dan Mike. Sementara itu, Poseidon terus mencoba mengakali Michael dan anggota geng lainnya, yang membawa mereka ke pertarungan pamungkas, dan tidak semua orang berhasil keluar hidup-hidup. Karena konspirasi politik, seorang pria tak bersalah dikirim ke hukuman mati dan satu-satunya harapannya adalah saudara laki-lakinya, yang membuat misinya untuk sengaja mengirim dirinya ke penjara yang sama untuk menghancurkan mereka berdua, dari dalam ke luar. . Film ini meliput peristiwa yang terjadi di antara kejatuhan The Company dan akhir seri. Ini merinci penangkapan dan penahanan Sara Tancredi, rencana pelarian terakhir yang dibuat Michael untuk Sara. Itu juga mengungkapkan nasib terakhir Gretchen Morgan. Lincoln Burrows saat ini berada di hukuman mati dan dijadwalkan untuk mati dalam beberapa bulan karena pembunuhan adik laki-lakinya Michael yakin dia tidak melakukannya. Dengan tidak adanya pilihan lain dan waktu mereda, Michael mengambil tindakan drastis untuk membuat dirinya dipenjara bersama saudaranya di Penjara Negara Bagian Fox River. Begitu dia berada di dalam, Michael, seorang insinyur struktur dengan cetak biru penjara, mulai menjalankan rencana yang rumit untuk membebaskan Lincoln dan membuktikan bahwa dia tidak bersalah. Di musim kedua, Michael, Lincoln, dan enam narapidana lainnya, termasuk pencopet Tweener dan Haywire yang tidak stabil secara mental, akhirnya melarikan diri dari Fox River. Namun, begitu berada di luar tembok penjara, pelarian benar-benar dimulai ketika para narapidana berlomba untuk hidup mereka sambil mencoba menghindari penangkapan oleh pihak berwenang. Para pengejar dipimpin oleh agen FBI Alexander Mahone, yang dihantui oleh iblisnya sendiri; penjaga penjara pendendam Kapten Brad Bellick, yang, didorong oleh balas dendam pribadinya sendiri, juga tidak akan berhenti sampai para pelarian ditangkap atau dibunuh; dan Agen Dinas Rahasia Paul Kellerman, yang, di bawah perintah Presiden Reynolds, akan melakukan apa saja untuk merahasiakan kebenaran tentang konspirasi tersebut. Tepat ketika mereka mengira mereka keluar, mereka ditarik kembali – untuk pelarian paling berbahaya yang pernah ada. Musim ketiga menemukan Michael Scofield salah dipenjara di Sona, penjara Panama yang mengerikan di mana tidak ada aturan, tidak ada penjaga, dan tidak ada jalan keluar. Setelah merekayasa pelarian yang berani dari neraka, penjara Panama Sona, saudara Michael Scofield dan Lincoln Burrows bertekad untuk mencari keadilan melawan Perusahaan, kelompok bayangan yang bertanggung jawab untuk menghancurkan hidup mereka dan membunuh wanita yang dicintai Michael, Dr. Sara Tancredi. Pencarian balas dendam Michael membawanya ke Los Angeles, di mana dunianya terbalik ketika operator Perusahaan Gretchen / Susan B. Anthony memberi tahu dia bahwa Sara masih hidup. Menyadari satu-satunya cara mereka akan benar-benar bebas, Michael dan Lincoln berjanji untuk menemukan Sara dan menjatuhkan The Company. Dengan bantuan agen Keamanan Dalam Negeri Don Self, mereka mengumpulkan sekelompok sekutu dan wajah-wajah familiar untuk menyelesaikan tugas mereka Mahone, Sucre, Bellick, dan pakar komputer Roland Glenn. Sayangnya untuk saudara-saudara, mereka juga harus menghindari pembunuh kompi Wyatt dan menemukan T-Bag yang hilang. Michael dan Lincoln segera menemukan bahwa satu-satunya hal yang lebih sulit daripada menerobos adalah membobol. Tujuh tahun kemudian, berkat informasi yang diberikan oleh T-Bag, Lincoln dan Sara menemukan bahwa Michael masih hidup di penjara Yaman, jadi mereka mengembangkan sebuah rencana. untuk mengeluarkannya.