– Ash dan teman-temannya (kali ini ditemani oleh pendatang baru Dawn) tiba di sebuah desa yang indah dalam perjalanan mereka ke kontes Pokemon berikutnya, di mana kekacauan akan segera meletus dengan ramalan dua Dewa Pokemon (Dialga dan Palkia) dan kedatangan seorang misterius, tampaknya Pokemon mematikan bernama Darkrai yang mempunyai kekuatan memutarbalikkan ruang dan waktu.